Três Lagoas também sofre com os problemas ambientais em sua região. É o caso da lagoa maior, onde centenas de pequenos peixes, entre eles lambaris e tilápias estão morrendo por falta de oxigenação da água. Os animais estão represados no córrego e quem passa pela região sente o odor forte, além dos problemas que envolvem a cadeia alimentar.
De acordo com informações do site Perfil News de Três Lagoas, em 2011, foi realizado o 1° Fórum da Lagoa Maior, pela Prefeitura Municipal em conjunto com a UFMS (Universidade Federal de Mato Grosso do Sul) com objetivo de nortear ações de manejo e preservação ambiental a serem adotadas na importante Unidade de Conservação (UC). No local a vegetação tomou conta impedindo a circulação de água o que provocou o represamento dos peixes.
Segundo a secretaria de meio ambiente, já foi identificado o fato e tomarão as devidas providências nos próximos dias.